当你发现化石后，挖掘其会掉落布满灰尘的化石，可以将其放入化石清洁器中，以确定它的种类。然后可以将这些被清洗过的化石放入化石复活机中，以复活宝可梦。放置时，化石清洗机会占用一格空间。可以通过用镐挖掘来破坏并掉落它。
化石清洗机不必放在化石复活机旁边即可清洁布满灰尘的化石。但是，从被清洗过的化石中提取宝可梦的DNA仍然需要化石复活机。
化石清洗机在使用时会发出红石信号。