编程电路可用于控制部分机器的合成配方。其被合成时自带一个配置值（默认为0），可以手持编程电路按下使用键（默认为鼠标右键）直接对手持的编程电路的配置值进行调整，范围为0~32。编程电路的配置值被储存在该物品的 configuration 标签。

在机器中，编程电路可以和原料一起放入机器输入槽，或是大型多方块机器的输入总线中来切换合成配方，有效解决了相同的原料拥有不同产物的冲突问题，且编程电路总是不会被消耗。例如：1000 mB的丙酮在蒸馏室中被处理，配合配置值==0的编程电路可处理成 1000 mB乙烯酮，而配合配置值==1的编程电路可处理成 1000 mB甲烷。（当然若是在条件允许的情况下，仍是建议使用蒸馏塔来高效处理丙酮）