6.0.1版本增加。

蜜蜂育种器是一种可以将女王蜂配种，并有概率产生新幼虫的设备，界面如下：

在1号区域内放入两只女王蜂，4号区域内放入蜂王浆，育种就会自动开始。

每个蜂王浆可使育种进行200秒，每次育种需要600秒。

育种基础成功率为10%，玩家可在2号区域及3号区域内放入各种植物或树苗来提高或降低育种的成功率，同一种催化物只能出现一次。催化物数量及摆放位置不会影响成功率增减的数值，催化物品不会被消耗且不是必需品。单种催化物影响成功率的范围为-10%~+10%。育种成功率最低为1%，最高为70%。育种成功率只和催化物的注册名称与元数据（即物品ID与ID后的数字）、女王蜂的种类与女王蜂摆放顺序有关。

成功育种时，将在中间的格子中产生幼虫，失败则无产出。无论育种是否成功，用于育种的女王蜂都会消失。

玩家可在NEI中搜索育种的女王蜂配方。若配方不存在，则育种成功时产生的幼虫后标与两只女王蜂其中一只相同。

女王蜂育种配方如下：